截止到2022年5月，研究院科研人员主持国家、省部级主要项目如下：
一、国家社会科学基金项目
1.明清运河区域社会变迁（01BZS015），王云。
2.京杭运河文献整理与研究（07BTQ008），王云。
3.海源阁藏书研究（08BTQ020），丁延峰。
4.明清时期京杭运河区域社会组织研究（10CZS032），吴欣。
5.历史语言研究与现代中国学术体制的建构（11BZS002），马亮宽。
6.明清黄运地区的河工建设与生态环境变迁研究（11BZS078），李德楠。
7.京杭运河与明清时期区域农业开发（12BZS082），李泉。
8.太仓库与明代财政制度演变研究（12XZS010），苏新红。
9.汲古阁藏书、刻书、抄书研究（14BTQ023），丁延峰。
10.革命动员与山东乡村社会变迁（1937—1945）（14BZS044），罗衍军。
11.刘锦棠别集辑笺（14FZS033），杜宏春。[重点项目]
12.散木居奏稿校证（15FZS028），杜宏春。
13.民间文献与京杭运河区域社会研究（16AZS014），吴欣。[重点项目]
14.明清山东运河河政、河工与区域社会研究(16CZS017），郑民德。
15.中国佛教艺术中的外道形象研究(17BF102），吕德廷。[艺术专项]
16.明清山东运河区域社会生态变迁”（17ZDA184），王玉朋。[重大项目“大运河与中国古代社会”子课题]
17.刘铭传文献汇集、整理与研究（18XZS006），杜宏春。
18.清代黄运地区河工经费研究(19CZS028) ，王玉朋。
19.柯劭忞年谱长编（19FZSB065），崔建利。
20.明清山东黄运地区环境史研究（20FZSB033），高元杰。
21.新疆巡抚饶应祺文献汇辑（20AZD121），杜宏春。[重点项目]
22.张树声奏稿校证（20FZSB046），杜宏春。
23.晚清、北洋时期新疆外交档案汇集、整理与研究（21VXJ014），杜宏春[新疆专项]
24.明代江南上供物资转运研究(21BZS066)，胡克诚。
25.宋代边疆民族地区食盐冲突、政府调控与国家认同研究(21BMZ017)，裴一璞。
二、国家自然科学基金项目
1.全新世以来东平湖变迁与黄河洪水关系及动力机制研究（41072258），陈诗越
三、全国高校古委会项目
1.《杨以增奏稿》校正(附《杨以增年谱》）(1687)，丁延峰。
2.《吴棠文献汇笺》(1743)，杜宏春。
3.潘效苏集辑注(1863)，杜宏春
4.明代通惠河史料四种（1949），胡克诚。
5.徐世昌诗集校注（1950），崔建利。
6.海源阁杨氏诗文校注（1951），周广骞。
7.《清代运河日记五种校注》（2046），朱年志。
8.《运河钞关志史料三种》（R20WA17），周嘉。
9.《<以介编>校注》(R20WA18)，丁延峰。
10.《毛鸿宾奏稿校注》(2145)，周广骞。
四、教育部人文社科基金项目
1.陶模集辑笺（16JHQ009），杜宏春。[重大项目]
2.谭文勤公奏稿校证（21JHQ007），杜宏春。[重大项目]
3.民国时期的古籍丛书研究（12YJA870002），崔建利。
4.明清运河漕运仓储与区域社会研究（15YJC770051），郑民德。
5.运河城市的空间形态及生命历程研究——以临清为中心的历史人类学考察（15YJC840049），周嘉。
6.逋赋治理与明代江南财赋管理体制的变迁（15YJC770013），胡克诚。
7.新型城镇化背景下散杂居少数民族的社会融入——基于晋冀鲁豫回族的考察（15YJC850003），郭福亮。
8.魏光焘行述长编（18JHQ051），杜宏春。
9.明清黄运地区河漕赋役与社会变迁研究（20YJC770006），高元杰。
五、国家民委项目
1.新型城镇化背景下散杂居少数民族的文化适应和重构（2014-GM-093），郭福亮。
2.清末科布多参赞大臣瑞洵文献汇笺（2016-GMH-015），杜宏春。
3.陶模治理边疆行述长编（2018-GMH-013），杜宏春。
4.大运河区域民族民俗文化现状调查研究——以山东回族为考察对象（2018-GME-022），刘玉梅。
5.刘锦棠治疆行述长编（2020-GMD-015），杜宏春。
六、山东省社科规划项目
1.山东运河区域民间文献整理与社会文化研究（07JD004），吴欣。
2.忠勇震瀛寰的爱国将军张自忠研究(09CLSJ01），马亮宽。
3.革命动员与乡村变迁：以山东抗日根据地为中心的考察(13CDSJ10），罗衍军。
4.明清山东运河城镇研究(15CLSJ11)，朱年志。
5.山东党组织土地政策与实践研究（1937—1956)(16CDSJ07)，罗衍军。
6.清代山东河工经费研究（16DLSJ03），王玉朋。
7.明清时期山东运河区域民间信仰研究（16DLSJ07），胡梦飞。
8.后申遗时代山东传统年画传承与创新研究（17CCYJ08），刘玉梅。
9.山东运河区域回族的民族认同研究（18CSJJ24），孙凤娟。
10.近代小清河食盐运输研究（1855—1937）（18CLSJ06），裴一璞。
11.山东传承中华优秀运河文化体系构建研究——以“大运河文化资料数据平台”建设为中心（19003105），高元杰。
12.山东方志运河文献研究（19CLSJ06），周广骞。
13.山东运河文化遗产保护、传承与利用研究（20CWYJ39），胡梦飞。
14.中国古代家训文化与领导干部家风建设研究(21CZDJ07)，周嘉。
七、其他省部级项目
1.国家法治与法学理论研究项目：区域史视野下的法律秩序研究”（15SFB5009），吴欣。
2.中央社会主义学院统一战线高端智库课题重点项目：新疆巡抚潘效苏治疆文献整理与研究(ZK20180206)，杜宏春。
3.中央社会主义院统一战线高端智库项目：宋代边疆食盐调控与少数民族国家认同研究（ZK20190127），裴一璞。
4.浙江省社科规划项目：越地史学史(16JDGH115)，罗衍军。
5.浙江省社科规划项目：源博弈与秩序调控：宋元四川盐业社会研究（16JDGH075），裴一璞。
七、横向课题
1.《中国大运河历史文献集成》（80册），合作单位：国家图书馆，2012-2015，[国家图书馆出版社，2014年出版]。
2.《中国运河志》（文献、人物、大事记三卷五册），合作单位：江苏凤凰集团，2013-2019，[江苏凤凰科学技术出版社，2019年出版]。
3.“运河地名文化数据库”，合作单位：民政部地名研究所，2013。
4.“运河地名保护利用”， 合作单位：民政部地名研究所，2014。
5.《京杭大运河山东段志》编纂，（合作单位：中共山东省委党史研究院，2018-2022），[中华书局，2022年待出版]。
6.山东省委宣传部社科重大项目：大运河文化资料数据平台（19003105），吴欣。
7.山东省发展和改革委委托项目：山东省大运河国家文化公园建设保护规划，2020年，丁延峰。
8.聊城中国运河文化博物馆改造提升展览大纲设计课题研究服务项目，2021年，丁延峰。
9.汶上县委组织部委托项目：大运河文化研究，2019年，丁延峰。
10.聊城市文化和旅游局委托项目：聊城市大运河国家文化公园建设保护方案，2020年，丁延峰。
11.聊城市城校融合文旅项目：聊城市大运河国家文化公园样板工程规划与建设方案，2020年，胡梦飞。
12.山东省文化和旅游厅委托项目：山东省大运河非物质文化遗产基础性研究，2021年，刘玉梅。
13.聊城市文化和旅游局委托项目：大运河(聊城段)文化和旅游融合发展实施方案（建议稿），2021年，胡梦飞。
14.聊城市民政局委托项目：京杭大运河聊城段地名文化遗产研究(LCHR-SZ-20220402)，2022年，周嘉。
聊城大学运河学研究院